São incontáveis suas belezas naturais, porém alguns merecem destaque pela própria exuberância. Podem-se enumerar entre eles as Grutas do Lago Azul e Mimoso, os rios Sucuri, Formoso, da Prata, do Peixe que satisfazem tanto os desejos de quem procura tranquilidade quanto aventuras inesquecíveis.

O turista não encontra atrações naturais somente em terra ou mesmo em rios. Boa parte da sedução de Bonito se acha no seu subterrâneo. Grutas com lagos de águas cristalinas encantam a cada passo dado. Quanto mais se adentra, a recompensa se nota. Existem atividades monitoradas por guias credenciados pela Embratur nas grutas, cavernas e mergulho, cuja beleza aquática torna-se experiência inesquecível.

O ecoturismo não para por aí. Passeios pelo Aquário Natural, Buraco das Araras, Cavalgadas pelas margens dos rios, Trilhas dos Animais, Boca do Onça entre outros são procurados por turistas que trazem a família para desfrutar de momentos felizes.